要保存中藥飲片一般按照說明書上的條件進行存儲，將包裝盒密封好，存放在陰涼處。

比如：麝香、番紅花等有揮發性成分并具有特殊氣味、又怕串味的藥，密封起來后，再放到冰箱中冷藏，就不會散味了，而且這樣保存還可以起到防蟲的作用。

貴重中藥材可以采用特定的方法保存。如成品天麻制成后，要立即用內附白紙的無毒塑料袋封閉包裝，然后在上面蓋上干凈的厚紙，并且存放于干燥處，或用瓷壇裝好，以防回潮霉變。

鹿茸要放在一個通風的地方，然后用布包一些花椒放在旁邊，如果保存得當，三五年內鹿茸的藥效是不會發生變化的。冬蟲夏草可將其與花椒或丹皮放在密閉的玻璃瓶中，置于冰箱中冷藏，或在儲藏蟲草的地方放一些干燥劑。

中藥材如果發現霉變的，也不能盲目使用。如果發現中藥材尤其是貴重中藥材已經受潮，就應盡快曬干，或者用干凈的鍋文火烘、炒，除去水分。冬蟲夏草受潮，應立即曝曬，或用炭火微微烘焙，事后篩去害蟲蟲體與蛀屑。